Ein Sohn aus der Ehe des Hilmar von Münchhausen mit Lucia von Reden, Hilmar der Jüngere von Münchhausen (1558–1617), Herr auf Schwöbber und Rinteln, ließ den heute noch stehenden Bau von 1613 bis 1616 als Wasserschloss neu errichten. Das Herrenhaus ruht auf einem Fundament aus Eichenpfählen in einer Gräfte.

Hilmars des Jüngeren Urenkel, Ernst Friedemann von Münchhausen (1686–1772), verkaufte den Besitz 1731 an die verwandte Familie von Reden. Ein Vetter, der berühmte Lügenbaron Hieronymus von Münchhausen (1720–1797), war später häufig Gast auf Wendlinghausen – er war der Sohn der Sybille Wilhelmine von Reden, Tochter des Jobst Johann von Reden aus Hastenbeck und der Marie Dorothea von Münchhausen (Hameln).

Schloss Wendlinghausen befindet sich bis heute im Besitz der Familie von Reden.